La Fondazione Banco di Sicilia, presieduta dal professor Giovanni Puglisi, è retta dal Consiglio Superiore (organo di indirizzo, composto dal Presidente e da ventidue Consiglieri di cui uno con funzioni di Vice Presidente) ed è amministrata da un Consiglio di Amministrazione (organo di gestione, composto dal Presidente e da sette Consiglieri di cui uno con funzioni di Vice Presidente). Le funzioni di controllo della gestione e di controllo contabile sono assolte dal Collegio Sindacale (organo di controllo, composto da un Presidente, due Sindaci effettivi e un Sindaco supplente). Segretario Generale della Fondazione è l'avvocato Raffaele Bonsignore.
