La Fondazione Banco di Sicilia nasce il 21 dicembre 1991 quale ente conferente della società conferitaria Banco di Sicilia S.p.A. in base alla normativa dettata dalla Legge Amato-Ciampi del 1990, che avvia il processo di privatizzazione delle banche pubbliche (Istituti di Credito di Diritto pubblico e Casse di Risparmio).
Al momento dello scorporo, ogni soggetto bancario creò due nuove realtà, l'ente conferente (il vecchio Istituto bancario di diritto pubblico, ora Fondazione bancaria) e la società conferitaria (il nuovo Istituto bancario, ora Società per Azioni): in particolare il vecchio Banco genera la Fondazione Banco di Sicilia e il Banco di Sicilia S.p.A.
Successivamente, la legge Ciampi-Pinza del dicembre 1998, trasforma le Fondazioni bancarie in Enti di diritto privato. Alla Fondazione vennero assegnati in dotazione tutti i beni d'arte e di cultura del vecchio Banco, ivi compresi quelli contenuti nella Villa Zito, anch'essa di proprietà del Banco di Sicilia, che fino ad allora, a partire dal 1983, era stata la sede della Fondazione Mormino.
Quest'ultima Fondazione, ideata dal direttore generale del Banco di Sicilia Ignazio Mormino nel 1923, non conseguì mai nel corso degli anni una vera e propria veste giuridica, pur svolgendo un'intensa attività nel campo degli studi economici, della promozione turistica e culturale, nell'avvio e nel sostegno di imponenti campagne di scavi archeologici.
Particolari benemerenze la Fondazione acquistò con la creazione dell'ASTIS, Associazione per lo Sviluppo del Turismo in Sicilia, avvenuta nel 1926.
