La Fondazione Banco di Sicilia nasce il 21 dicembre 1991 mediante una operazione di scorporo del vecchio Banco di Sicilia. Tale operazione trova fondamento nella Legge Amato-Carli del 1990 e relativo decreto legislativo di attuazione, che avvia il processo di privatizzazione delle banche pubbliche. Attraverso questa normativa, ogni soggetto bancario crea due nuove realtà: l'ente conferente (il vecchio istituto di diritto pubblico, ora Fondazione Bancaria) e la società conferitaria (il nuovo Istituto bancario, ora Società per azioni).
A seguito della Legge Ciampi del dicembre 1998 e, soprattutto, del collegato decreto legislativo attuativo del '99, le fondazioni bancarie si trasformano in enti di diritto privato. Un processo, grazie al quale alla Fondazione Banco di Sicilia sono assegnati tutti i beni d'arte e di cultura del vecchio Banco, comprese le preziose Collezioni del Museo della Fondazione Mormino, voluta nel 1923 dall'allora direttore generale del Banco di Sicilia Ignazio Mormino, dal quale poi prese il nome.
Infine, nel 2001, la Legge Tremonti, e nel 2002, la conseguente norma di interpretazione autentica, completano il percorso legislativo di trasformazione e definizione delle fondazioni di origine bancaria.
Fra le azioni più significative volte a "fare sistema", occorre ricordare come nel 2006 la Fondazione Banco di Sicilia abbia aderito all'ACRI (Associazione di Fondazioni e di Casse di Risparmio), alle cui attività partecipa in modo fattivo attraverso la presenza nel Consiglio di amministrazione e nelle Commissioni permanenti.
