Sono conservati presso l'Archivio storico i fondi archivistici che, in sintesi, possono essere riuniti in quattro principali sezioni di classificazione.
La sezione dei fondi relativi alla Tavola Pecuniaria di Palermo (1552-1857), istituita dal Senato di Palermo l'1 febbraio 1552 con atto stipulato dal Pretore Cesare Lanza presso il Notaio Giacomo Capobianco; quella comprendente i fondi archivistici della Tavola Pecuniaria di Messina (1587-1753); la sezione dei fondi relativi alle Casse di Corte di Palermo e di Messina (1844-1850), fondate da Ferdinando II nell'aprile del 1843, quali dipendenze del Banco Regio delle Due Sicilie denominate nel periodo rivoluzionario Banco Nazionale della Sicilia (gennaio 1848-aprile 1849), e successivamente, nel mese di agosto del 1850, rese autonome con la denominazione Banco Regio dei Domini al di là del Faro (1850-1867), nonché la sezione che riguarda i fondi archivistici del Banco di Sicilia, dal 1867, anno di nascita per effetto della legge emanata l'11 agosto 1867, sino al 1991, quando l'ex Istituto di Credito di Diritto Pubblico si trasforma in Società per Azioni.
Il materiale archivistico è di proprietà della Fondazione con la sola eccezione di quello relativo alla Tavola di Palermo che è stato oggetto di cessione in deposito in favore del Banco di Sicilia, giusta convenzione con il Comune di Palermo firmata in data 18 dicembre 1948.
