A Villa Zito sono presenti i beni storico – artistici di maggior rilievo quali la collezione archeologica comprendente 4.751 reperti, la maggior parte dei quali provenienti da scavi condotti nei siti archeologici della Sicilia occidentale di Solunto, Terravecchia di Cuti, Himera e Selinunte; la collezione numismatica composta di 2.197 monete e medaglie il cui nucleo più importante riguarda quanto coniato dalle zecche siciliane tra il 1282 (inizio del dominio Aragonese, dopo la Guerra del Vespro) e il 1836 (ultima coniazione assegnata alla Zecca di Palermo da Ferdinando II ); la collezione di stampe e disegni che annovera oltre 1.000 fogli riguardanti la produzione grafica di carte geografiche, topografiche e vedute paesaggistiche della Sicilia dal XVI al XIX secolo; la collezione di maioliche con 110 esemplari che offrono un ampio panorama della produzione italiana dal Quattrocento al Settecento; la raccolta filatelica che presenta oltre 1.000 rari documenti postali relativi alle prime emissioni del Regno di Napoli e del Regno di Sicilia rispettivamente emessi nel 1858 e nel 1859.
Inoltre è presente una quadreria composta da oltre 120 opere della scuola pittorica siciliana della seconda metà dell'Ottocento e da 150 opere pittoriche del Novecento tra cui spiccano quelle del protagonista del futurismo siciliano Pippo Rizzo. Infine, a Villa Zito, è presente una ricca biblioteca dotata di oltre settantamila volumi con settori specializzati in archeologia, numismatica e storia della Sicilia.
Inoltre fanno parte del patrimonio della Fondazione circa 8.500 opere, in atto date in comodato d'uso al Banco di Sicilia, comprendenti diverse tipologie di beni culturali. Tra queste sono presenti circa 2.500 opere di particolare valore (relative ad un arco temporale che va dal Seicento al Novecento), che riguardano dipinti, disegni, incisioni, sculture, vetri, tappeti, mobili e ceramiche.
